LOD Skoru
LOD Score
Tanım
Örnek Vaka / Uygulama
Nadir görülen kalıtsal bir nörolojik bozukluğun aile içi geçişini inceleyen bir genetik araştırma ekibi, aday bir DNA belirteci ile hastalık geni arasındaki bağlantıyı test etmek için pedigree (soy ağacı) analizi yapar. Yapılan hesaplamalar sonucunda elde edilen LOD skoru 3.4 olarak saptanır. Bu istatistiki değer, söz konusu gen ile belirtecin kromozom üzerinde birbirine çok yakın olduğunu ve hastalığın bu belirteç üzerinden yüksek bir güvenle takip edilebileceğini kanıtlar.
Derin Analiz
LOD skoru (log of the odds), genetik bağlantı analizinde (linkage analysis) iki genin veya bir gen ile bir hastalık belirtecinin aynı kromozom üzerinde fiziksel olarak ne kadar yakın olduğunu belirlemek için kullanılan istatistiksel bir testtir. Temel mantığı, iki lokusun bağlı olduğu hipotezinin (recombinasyon oranının %50'den az olduğu durum) bağımsız dağılım hipotezine (bağlı olmadığını, yani %50 rekonbinasyon olduğunu) oranının onluk logaritmasını almaktır. Klinik genetik ve istatistiksel genotip analizlerinde, 3 veya daha yüksek bir LOD skoru, genlerin gerçekten bağlantılı olduğuna dair ezici bir kanıt sunar (1000'e 1 lehte olasılık); -2 veya daha düşük bir skor ise bağlantının olmadığını kesin olarak gösterir. Ara ara ara skorların elde edildiği belirsiz durumlarda ise (örneğin 0 ile 3 arası) ek aile verisi toplanması zorunludur.
Etimoloji
İngilizce 'logarithm of the odds' (olasılıklar oranının logaritması) ifadesinin kısaltmasından türetilmiştir.
Karıştırmayın
Genotipik frekans veya Hardy-Weinberg dengesi ile karıştırılır; ancak LOD skoru popülasyon dengesini değil, belirli bir soy ağacında iki genin birlikte kalıtılma olasılığını ölçer.